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Bioinformatisches Praktikum (SS16)

Info

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  • RTK (ehemalige Frauenklinik, Wollweberstraße 1), Veranstaltungstermine:
    • Donnerstags 10:15-11:45 Uhr für alle: Humanbiologen, Biomathe, Biologie, Biochemie
    • Donnerstags 12:00-13:30 Uhr, für Biomathe, Biologie, Biochemie (Humanbiologen willkommen)
    • Abkürzungen: Humanbiologie, BioChemie, BioMathematik, Biologie

Vorlesung


Übungen

  1. HBCM: Aufgaben zur BASH (7. April)
  2. BCM: Aufgaben zur BLAST - Homologiesuche (7. April)
  3. BCM: Aufgaben zu Profil-HMMs - Domänen (7. April)
  4. HBCM: Perl-Aufgabe: Namen zählen (14. April)
  5. BCM: Genvorhersage (14. April, 21. April, 12. Mai)
  6. HBCM: Perl-Aufgabe (1.): Datei mit Zahlen zusammenfassen (21. April)
  7. HBCM: Perl-Aufgabe (2.): GC-Gehalt zählen (21. April)
  8. HBCM: Perl-Aufgabe (3.): PROSITE pattern scan (12. Mai)
  9. HBCM: Perl-Aufgabe (4.): Regular Expression - Suchen und Ersetzen (12. Mai)
  10. HBCM: Aufgaben zur Phylogenetik

Testate:

  1. HBCM: Richtlinien zur Form der Abgabe
  2. HCBM: Aufgabe 1, Programmgerüst, Eingabesequenz, Signalpositionen, Beispiellösungen: count-gene-cands.pl, count-gene-cands2.pl
  3. HCBM: Aufgabe 2, Programmgerüst,
    clustering1, clustering2
    isogeneclustering, expressionclustering
    c1, c2
  4. HCBM: Aufgabe 3
    • Input Alignment: birds.maf
    • Output alignment: birds.nexus.
      This file is there so you can proceed to the tree part of the exercise even if you do not succeed in concatenating the alignments. The parameters included in the nexus file are just examples. You may have to increase the number of generations beyond 20000 depending on the simulation outcome or your machine architecture.
    • names.txt
    • MrBayes ist im RTK installiert - Aufruf mit mb. Ubuntu enthält es als Paket. Sie können es auch aus den Quellen selbst kompilieren: MrBayes Homepage
  5. CBM: Aufgabe 4a, Aufgabe 4b



altes Material

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