• BMBF: AI-Biome: Schaderregerfrüherkennung mit NGS und AI, TP1: Entwicklung Entwicklung AI-basierter Software zur Untersuchung von Tierbeständen (2023-2026, by K. J. Hoff, A. Kuss, SensID GmbH, F. Billenkamp, M. Stanke, & Rinderzucht A\ ugustin
• DFG: Mechanismen des Polysaccharid-Abbaus in Partikel-assoziierten mikrobiellen Gemeinschaften (2022-2024, by K. J. Hoff, M. Bengtsson & J. Harder within research group "Proteogenomik der Marinen Polysaccharid Verwertung - POMPU")
• Hochschulpakt: Datenkompetenz (2019-2023, by K.J. Hoff, L. Schulig, A. Link & M. Stanke)
• NIH: Addressing Open Challenges of Computational Genome Annotation (since 2018, by M. Borodovsky & M. Stanke)
• DFG: GAIUS - Wartungsarbeiten für die Nachhaltigkeit von AUGUSTUS (since 2018, by M. Stanke & S. Herbold)
• SNF: Scalable Genome Graph Data Structures for Metagenomics and Genome Annotation (since 2017, M. Stanke as co-investigator)
• DFG: GRK 1870 - Bakterielle Atemwegsinfektionen - Allgemeine und spezifische Mechanismen der Adaption von Pathogenen und der Immunabwehr (2014-2018, M. Stanke as co-investigator)
• Studienstiftung des deutschen Volkes: Ph.D. stipend (2014-2017, to Stefanie Nachtweide)
• DFG: A comparative approach to genome annotation in Tribolium (2013-2016, by M. Stanke)
• DFG: Verbesserung der Vorhersage neuer Mitglieder von Proteinfamilien in eukaryotischen Genomen am Beispiel der Analyse der Kinesin-Motorproteine (2007-2011, by M. Kollmar, S. Waack and M. Stanke)
• DFG: Structural genome annotation and quantification of transcripts based on ultra-high-throughput transcriptome sequencing (2010-2015, by M. Stanke)
• DFG: Reliable structural genome annotation of Archaea (2010-2014, by K. J. Hoff)
• BMBF: BIOFUNG -- Integrative study of the biotrophic growth of the fungus Verticillium longisporum on its host oilseed rape (2010-2014, by G. Braus, I. Feussner, B. Morgenstern)
• DFG: Classification of HIV-1 Using Coalescent Theory (2008-2011, by M. Stanke)